Ağrı İbrahim Çeçen Üniversitesinin temelleri, 1967–1968 eğitim-öğretim yılında Milli Eğitim Bakanlığına bağlı olarak kurulan Ağrı Kız İlk Öğretmen Okulu olarak atılmış ve 1977–1978 eğitim-öğretim yılından itibaren iki yıllık Eğitim Enstitüsü’ne dönüştürülerek öğretmen yetiştirme fonksiyonunu sürdürmüştür.

30 Haziran 1982 tarihinde çıkarılan 2809 sayılı Yükseköğretim Kurumları Teşkilat Kanunu ile Ağrı Eğitim Yüksekokulu olarak Atatürk Üniversitesi Kazım Karabekir Eğitim Fakültesi’ne bağlanmıştır.

3 Temmuz 1992 tarih ve 3837 sayılı kanunla Ağrı Eğitim Yüksekokulu Ağrı Eğitim Fakültesine dönüştürülmüş ve Atatürk Üniversitesi Rektörlüğüne bağlı olarak 2007 yılına kadar ilköğretime yönelik lisans düzeyinde öğretim vermeye devam etmiştir.

Sağlık Yüksekokulu 2.11.1996 tarihli Resmi Gazete’ de yayınlanan 10.10.1996 tarih ve 8655 sayılı Bakanlar Kurulu Kararıyla ve Sağlık Bakanlığı ile YÖK arasında imzalanan 22.11.1996 tarihli işbirliği protokolüyle kurulmuştur. Atatürk Üniversitesi Rektörlüğüne bağlı olarak 2003-2004 öğretim yılında da ilk öğrencilerini alarak eğitim-öğretime başlamıştır.

17.05.2007 tarih ve 5662 sayılı kanunun Ek-73. maddesi ile Ağrı Dağı Üniversitesi olarak kurulan Üniversitemizin ismi 5773 sayılı kanunla Ağrı İbrahim Çeçen Üniversitesi olarak değiştirilmiş ve 28.06.2008 tarih ve 26920 sayılı Resmi Gazetede yayımlanarak yürürlüğe girmiştir.