İsa Habibbeyli (d. 16 Ekim 1949, Danzik, Şerur İli, Nahçıvan Özerk Cumhuriyeti) Akademisyen, Azerbaycan Milli Elmler Akademiyasının (Azerbaycan Ulusal Bilimler Akademisinin) Bakanı, Azerbaycan Cumhuriyeti Milli Meclisinin Bilim ve Eğitim Komisyonu Başkanı, AMEA Nizami Gencevi adına Edebiyat Enstitüsü Direktörüdür.